(682 Ha terrestres y 55.000 Ha marinas)

Punta Catedral, que en el pasado fue una isla y que debido a la acumulación de sedimentos se ha unido al continente formando una faja arenosa llamada tómbolo, es una de sus mayores atracciones.

A pesar de su reducido tamaño, Manuel Antonio, con sus dos espectaculares playas de arenas blancas, es uno de los Parque más bellos de Costa Rica y el que más visitantes recibe. El bosque tropical llega, en ocasiones, hasta el mismo océano, lo que permite disfrutar de la extraña sensación de nadar o bucear a la sombra. Es una pequeña isla biológica cuyos diferentes ambientes se pueden recorrer a pie por senderos que atraviesan la montaña. Asimismo, existe la posibilidad de recorrer la selva en un itinerario especialmente diseñado para hacerlo a caballo.
Las especies de flora más características dentro del bosque primario son el guácimo colorado, el pilón, el cedro maría, el guapinol negro (árbol maderable en peligro de extinción), el lechoso, el madroño y el ceibo. El manglar cubre aproximadamente 18 Ha.
Hay contabilizadas 109 especies de mamíferos, entre los que se encuentran el mapache, el pizote, el perezoso, el mono carablanca, el mono ardilla, el mono tití (en peligro de extinción debido a la destrucción de su hábitat y a su utilización como mascota). Entre las 185 especies de aves que pueblan el Parque, destacan el tucancillo, el pelícano, el martín pescador y el gallito del agua. Igualmente se pueden observar iguanas, serpientes e infinidad de insectos. La flora y fauna marinas son excepcionalmente variadas: esponjas, corales, crustáceos, algas y peces de todo tipo pueblan sus aguas.

Punta Catedral, el hoyo soplador de Puerto Escondido, las cuevas marinas y el acantilado de Punta Serrucho y la trampa submarina para tortugas de origen precolombino, en la playa Manuel Antonio, son puntos ineludibles que todo viajero debe visitar. El Parque incluye, además, 12 islas cercanas a la costa que suponen un excelente refugio de aves marinas. Los delfines son innumerables en estas costas y, algunas veces, es posible observar ballenas en su recorrido migratorio.
Parece ser que el nombre del Parque proviene de un español que murió luchando con los indígenas. Fue enterrado a los pies de un árbol y alguien colocó una cruz con la inscripción Manuel Antonio.